夏目教授帶著他的考古團隊，在長野縣九郎嶽的一處神秘遺蹟裡，發現了一口神秘的棺材。當他們開啟塵封的棺蓋後，釋放出了恐怖的怪物。甦醒的怪物滅掉了整個考古團隊的人，隨後，就消失不見了。 這件事發生後，就開始了出現了一系列的怪事，可怕的未知生命體接二連三地出現。立志要守護大家笑容的五代雄介，在目睹了古朗基一號的暴行後，他決定戴上腰帶，成為假面騎士空我。